Program utama YMTM adalah pengembangan pertanian berkelanjutan dan pengelolaan sumberdaya alam dengan model agroforestry/wanatani. Penerapan teknologi agroforestry/wanatani merupakan salah satu bentuk konkrit dari konsep pengembangan pertanian berkelanjutan, pertanian konservasi dan pertanian selaras alam. Dengan konsisten mengembangkan agroforestry/wanatani mendukung petani dampingan meningkatkan produksi jenis komoditas yang bernilai ekonomis sesuai kondisi dan potensi wilayah masing-masing.

Teknologi agroforestry/wanatani tersusun dari 3 komponen penting yang saling berkontribusi satu sama lain dalam satu kesatuan siklus yang dapat digambarkan sebagai berikut:

Agroforestry merupakan model teknologi yang adaptif terhadap perubahan iklim dan dapat mengurangi risiko gagal panen, menekan ladang berpindah,  berkontribusi terhadap penurunan stunting dengan menyediakan makanan yang beragam dan bergizi, berkontribusi terhadap peningkatan pendapatan petani di pedesaan dan daerah marginal.  Kebun agroforestry yang direncanakan dan tertata baik mempunyai produktifitas yang tinggi dan beragam  berupa hasil pertanian tanaman pangan, perkebunan, hortikultura dan perternakan yang tersedia dalam jangka pendek, menengah dan jangka panjang.