Yayasan Mitra Tani Mandiri (YMTM), didirikan pada tanggal 12 Agustus 1997 atas prakarsa 4 orang aktivis dan 3 orang petani dari Pulau Timor dan Pulau Flores. Fokus program adalah pengembangan Wanatani/agrosilvopastoral dengan memperhatikan aspek pemberdayaan masyarakat (disabilitas, kaum muda, perempuan) dan kelestarian lingkungan secara berkelanjutan.

Secara hukum Yayasan Mitra Tani Mandiri terdaftar dengan Akte Notaris Nomor 215, Tahun 1997 pada Kantor Notaris Silvester J. Mambaitfetto, SH di Kupang, Nusa Tenggara Timur dan telah disahkan oleh Pengadilan Negeri Kefamenanu Nomor 08/y/1997/PN.Kefa.

Penyesuaian dengan UU No. 16 Tahun 2001 tentang Yayasan dengan Akta No.42 tanggal 11 Januari 2012 telah disahkan dengan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU-1522.AH.01.04 Tahun 2012 tentang Pengesahan Yayasan, yang mulai berlaku sejak ditetapkan di Jakarta pada tanggal 28 Maret 2012. Pada tanggal 2 Desember 2024, melalui Notaris/PPAT Maria Doe Muga, SH., M.Kn., telah menerbitkan Akte Perubahan Yayasan Mitra Tani Mandiri No.02 dan telah disahkan Menteri Hukum Republik Indonesia No. AHU-0002275.AH.01.05. Tahun 2024. YMTM adalah wajib pajak dengan NPWP 02.438.083.4-925.000.