Sejak berdirinya,  YMTM telah melakukan kerja sama dengan berbagai pihak baik itu LSM Internasional, LSM Nasional dan LSM Lokal, Pelaku Usaha, Pemerintah dan Perguruan Tinggi.

1. Lembaga Internasional

• World Neighbors (WN) Indonesia
  Batuyang, Perumahan Taman Sari Blok B, No. 2 Batubulan, Gianyar 80582, Bali
  Telepon/Fax 0361 – 299055, Web : www.wn.org
• Caritas Australia
  Suite 1, Level 2, Building 3, 189 O’Riordan Street, Mascot NSW 2020
  Phone: 1800 024 413  Fax: +61 2 8306 3401
  Email: questions@catitas.org.au  ABN: 90 970 605 069
  Web: www.caritas.org.au
• Caritas Germany Indonesia
  Perumahan Citra Nirwana, Blok A, No. 4
  Jl. Kalimantan, Ring Road Utara, Sinduadi, Mlati, Sleman, Yogyakarta-Indonesia- 55284
• Australian Agency for International Development (AusAid) – DFAT
  Kedutaan Besar Australia di Indonesia
  Jl. Patra Kuningan Raya, Kav.1-4
  Jakarta Selatan 12940-Indonesia
  Telp: +62-21-25505555
• Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) Representation in Indonesia
  Menara Thamrin Building 7th floor
  Jalan M.H. Thamrin Kav. 3, JAKARTA 10250, Tel: +62.21-2980 2300, Fax: +62.21-3900 282, Email: FAO-ID@fao.org
• CRS – Catholic Relief Services
  Jl. Wijaya I, No. 35 Jakarta 12170
• UNDP – United Nations Development Programme
  Menara Thamrin, Building 8th Floor Kav. 3, Jl. M.H. Thamrin Jakarta 10250 INDONESIA
• BRITISH COUNCIL
  Gedung Office 8, Lantai 9,
  Jl. Senopati Raya, No. 8B, Jakarta 12190 Indonesia
• World Agroforestry (ICRAF)
  United Nations Avenue, Gigiri, PO Box 30677, Nairobi, 00100, Kenya
  Telepon: +254 20 7224000, E-mail: worldagroforestry@cifor-icraf.org
• Rikolto in Southeast Asia
  Indonesia Office
  Jl. Tukad Unda VIII/10B, Panjer, 80225 Denpasar Bali-Indonesia
• Canada Fund

2. LSM Regional maupun LSM Lokal

Studio Driya Media Bandung, Bina Desa, Yayasan Bina Swadaya, Yayasan An Feot Ana, Yabiku, Yayasan Krisna Galensya, Yayasan Tananua, PPSE Keuskupan Atambua

3. Pemerintah Daerah.

Dinas dan Badan di Propinsi NTT, BPDAS, BMKG, BBWS II Nusra. Dinas dan Badan di Kabupaten sasaran program (Bappeda, Dinas Pertanian, Dinas Pangan, Dinas Koperasi, Kehutanan, Peternakan, BPBD, DLHD)

4. Perguruan Tinggi dan Sekolah Kejuruan

Universitas Timor, Universitas Nusa Cendana, Politeknik Pertanian Kupang dan SMK dalam kegiatan magang dan pendampingan merdeka belajar bagi mahasiswa dan pelajar.

5. Mitra Pengusaha

CV. Trio Bhakti, UD. Timor Permai dalam pemasaran ternak sapi potong